База данных WheatPGE

Для решения задачи интеграции генотипических и фенотипических данных, а также параметров окружающей среды и для анализа взаимосвязей между генотипом и фенотипом нами была разработана система WheatPGE. Система служит для интеграции разнородных данных о растении, хранении и доступе к информации об отношениях, описывающих различные характеристики растения, его генотипа, фенотипа и факторов внешней среды. 
Центральным объектом базы данных является растение:

Растение описывается как совокупность признаков генотипа, фенотипа и окружающей среды, в которой данное растение произрастает.
Описание генотипа растения содержит следующую информацию: сорт растения, линия (в случае, если растение из чистой линии) или родители (в случае, если растение — гибрид). Для родителей указываются ссылки на генотипы соответствующих растений. Дополнительно для гибридов можно указать поколение и материнское растение. Для генотипа можно определить список молекулярных маркеров (характеристик геномных ДНК, которые определяются экспериментально или могут быть импортированы из других баз данных). Маркеры объединяются в группы. Для каждого маркера из группы определяется его состояние (например, молекулярная масса или длина). Группа маркеров является характеристикой генотипа растения. При описании маркера указывается его тип, имя, список состояний и локализация на хромосоме.
Для описания фенотипа растения система WheatPGE позволяет создавать наборы отношений, каждое из которых содержит описание характеристик определенного морфологического признака (опушение листа, длина побега и колоса, количество колосьев, продуктивность и т.п.)

Перейти к базе данных